على الرغم من مميزات نظام المحاسبة الإلكترونية، إلا أنها تأتي أيضًا مع عدد من العيوب التي يجب مراعاتها:
المحاسبة التقليدية والمحاسبة الإلكترونية تختلفان في العديد من الجوانب الرئيسة؛ مما يجعل كل منهما مناسبًا لظروف معينة حسب احتياجات العمل؛ لذا فإن الجدول التالي يستعرض أهم الفروقات بين النظامين:
تتيح برامج المُحاسبة الإلكترونية تقديم تقارير مالية فورية عن تقييم الأسهم والربح والخسارة والرواتب وتحليل المبيعات وغيرها من الأُمور المُحاسبية التي تقوم بها غالبية الشركات[٢]، وفيما يأتي بعض أهم إيجابيات المُحاسبة الإلكترونية:
المحاسبة السحابية ليست مجرد رفاهية الآن، وبدأ العالم السير في طريق الرقمنة بخُطى سريعة، واعتمدت العديد من الشركات والمؤسسات على أنظمة المحاسبة السحابية في معالجة العمليات المحاسبية، وإعداد تقاريرها المالية بدلا من طرق المحاسبة التقليدية، فيما يلي مقارنة توضيحية لأبرز الفروق بين المحاسبة السحابية والمحاسبة التقليدية:-
السيطرة على سرية وأمن البيانات، فبالرغم من مرونة المحاسبة السحابية من تبادل المعلومات والبيانات المالية، إلا أنها تتميز بوجود ضوابط تحكم إمكانية وصول المستخدم لمعلومات محددة فقط وفقًا لإذن وقيود المشاركة والوصول للمعلومات.
وكذلك تعمل على إنشاء الفواتير الدقيقة للمؤسسة في الوقت المحدد، وذلك لأنه يتم تخزين السجلات والبيانات الخاصة بالعملاء، بالإضافة إلى سهولة التذكير بعملية تتبع المدفوعات، وإرسال الفواتير المستحقة في الوقت المناسب.
كما يعتبر كويك بوكس أفضل برنامج محاسبة يناسب الشركات الصغيرة والمتوسطة ، كويك بوكس يتميز بالقوة والسرعة فى التسجيل وعرض كمية كبيرة من التقارير التى تريدها أغلب المنشأت من اول قيود اليوميه مرورا بالحسابات العامة والحسابات التحليليه الإمارات حتى ميزان المراجعه والميزانية وقائمة الدخل بالمقارنات والنسب والتحليلات المالية المطلوبه لإتخاذ القرارات الإدارية والمصيريه للشركات.
تعطيل العمل: تعطل الأنظمة الإلكترونية يمكن أن يسبب توقفًا في سير العمل؛ مما يؤثر سلبًا على العمليات اليومية للشركة.
بالرغم من تعدد المزايا التي يمكن الحصول عليها من المحاسبة الالكترونية إلا أن هناك بعض العيوب لها، وتتمثل في:
تساعد الموظفين على العمل من أي مكان في العالم، دون النظر للحدود الجغرافية وتعينك على تطبيق جميع معايير المحاسبة الإمارات حتى غير الشائعة منها كـ معايير المحاسبة الإسلامية.
كما تساعد على التخزين الدائم للبيانات المالية الخاصة بالمؤسسة، وتخزينها إلى أجل غير مسمى، بالإضافة إلى إمكانية إجراء النسخ الاحتياطي للبيانات على النظام المحاسبي للشركة لضمان عدم فقدان أي بيانات متعلقة بالمؤسسة.
الحصول على الفواتير في الوقت المحدد: يقوم النظام بتخزين سجلات العملاء، وإنشاء فواتير دقيقة، كما يمكنه إرسال التذكيرات بموعد التحصيل.
شراء البرنامج مدى الحياة
يقوم نظام المحاسبة القائم على الكمبيوتر بإنشاء تقارير لأطر زمنية مختلفة، مما يساعد على تتبع أداء عمل الشركة والاستعداد وفقًا لذلك للمستقبل، استنادًا إلى ملخصات الميزانية العمومية في الماضي.